Из-за богатого разнообразия рельефа на разных территориях страны свой климат — от субтропического континентального в Джелалабаде до горного засушливого в Кабуле. В Афганистане амплитуда колебаний температуры очень высока, она сменяется быстро, и так же скоры переходы от зимы к лету, от ночи ко дню. Регионы с повышенной влажностью расположены на юго-востоке страны, где под действием индийского муссона выпадает до 800 мм осадков в год, в то время как на всей остальной территории — не более 370-400 мм.
На пустынных ландшафтах и в сухих степях Афганистана произрастают злаковые культуры, а на склонах гор, перемежаясь с колючими кустарниками, растут дикий миндаль и фисташка, встречается ярко и пышно цветущий тамариск. Здесь водятся пятнистые гиены, шакалы, дикие ослы-куланы, быстроногие джейраны и сайгаки. Ирбисы, или снежные барсы, горные козлы и афганские тигры обитают в горной местности, в лесах грецкого ореха и гранатовых рощах.