Необходимо помнить, что, помимо напряженных отношений с моджахедами, и в самом правительстве не было единства. Особо непримиримой стала внутрипартийная борьба, которая достигла своего апогея в сентябре 1979 года. Именно тогда лидер НДПА Нур Мохаммад Тараки был арестован и убит Хафизуллой Амином. Амин занял место Тараки и, продолжая бороться против исламистов, усилил репрессии и внутри правящей партии.
По данным советской разведки, Амин пытался договориться с Пакистаном и Китаем, что нашими специалистами считалось недопустимым. 27 декабря 1979 года отряд советских спецназовцев захватил президентский дворец, Амин и его сыновья были убиты. Новым лидером страны стал Бабрак Кармаль.